PacBio Sequencing

Pacific Biosciences es una técnica de secuenciación de:

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¿Qué métodos de carga hay para la técnica de secuenciación PacBio/SMRT?

• BLUNT o SMRTbell

• PCR o BLUNT

• Difusión o MagBead

• AMPure PB beads o MagBead

Pasos de la PCR:

• 1) Desnaturalización

  2) Alineamiento

  3) Replicación

• 1) Desnaturalización

  2) Anillamiento

  3) Extensión

• 1) Anillamiento

  2) Extensión

  3) Duplicación

Por el tamaño de ZMW superior a la longitud de onda, tiene lugar la excitación selectiva?

• CIERTO

• FALSO

En Sequel Tools, ¿Cómo se calcula la relación PSR?

(SL = SubLecturas)

• Nº total de bases SL

  +

  Nº total de CLR

• (Nº bases SL más largas de CLR)

  ÷

  Total de bases de SL

• Total de SL

  x

  Total de bases

En la secuenciación de ADN, ¿Cuál es la diferencia entre los formatos SAM y BAM?

• SAM és la versión binaria y comprimida de BAM.

• SAM es una versión más avanzada de BAM

• BAM es la versión binaria y comprimida de SAM

Algunas de las regiones problemáticas que se secuencian con PacBio son:

(selecciona 2 opciones)

• NICKs y GAPs

• GAPs y Ricas en GC

• RSTs y GAPs

• HARD STOPs y STRs

VENTAJA = LONGITUDES DE LECTURA LARGAS

INCONVENIENTE = TASA DE ERROR MAYOR

• CIERTO

• FALSO