Lezione 13: force fields

Tramite la meccanica molecolare, è possibile simulare l'attività peptidasica di un enzima?

• SI

• NO

In un force field di tipo united...

• Non vengono parametrizzati gli azoti

• Non vengono parametrizzati i carboni

• Non vengono parametrizzati gli ossigeni

• Non vengono parametrizzati gli idrogeni

In un force field classico, contribuiscono alle energie di legame (Ebond):

• Le energie di van der Waals

• Le energie coulombiane

• Le energie di stretching

• Le energie di Lennard-Jones

Quando si vuole simulare un'interazione proteina-ligando, che force field è preferibile adottare?

• Un force field generico

• Un force field sviluppato per le proteine

• Un force field sviluppato per le piccole molecole

• Due force fields, uno per ogni molecola

Che vantaggio danno i force fields knowledge-based rispetto ai classici?

• Sono meglio calibrati sulle proteine

• Permettono di fare calcoli QM-MM

• Permettono di fare calcoli più rapidi

• Sono più generalizzabili