Minicurso BASH para bioinformática

Qual é a sua graduação?

Qual estado você mora?

Qual a ordem correta dos elementos que compõem a interface da linha de comando?

• prompt + argumento + comando + parâmetro

• comando + prompt + argumento + parâmetro

• prompt + comando + parâmetro + argumento

• comando + parâmetro + argumento + prompt

Answer explanation

a ordem correta é: prompt (usuário + "@" + nome do computador + ":" + diretório atual + "$" ou "#") + comando + parâmetro + argumento

Qual comando copia arquivos e diretórios?

• scp

• mkdir

• mv

• cp

Answer explanation

Se você rodar o comando "apropos "copy files and directories"" verá que o comando "cp" realiza essa função

Agora que você descobriu o comando que é utilizado para copiar arquivos diretórios, qual parâmetro esse comando possui para rodar de forma interativa (perguntar antes de sobrepor algum arquivo no destino)?

• cp -i

• cp -v

• cp -A

• cp -r

Answer explanation

Se você visualizar o manual do comando com "man cp" verá que o parâmetro -i --interactive é o correto

Considere a organização de diretórios ilustrada para responder as próximas perguntas. Imagine que você está no diretório "python/" e quer acessar o diretório "code". Qual comando utiliza o caminho relativo correto para realizar essa tarefa?

• cd /home/abhishek/code/

• cd ../../code/

• cd ../abhishek/code/

• cd ../../../code/

Answer explanation

A resposta correta é o comando "cd ../../code/" pois ele vai utilizar um caminho relativo para acessar dois diretórios acima e depois entrar no diretório de interesse "code/"

Imagine agora que você está no diretório "python/" e quer acessar o diretório "scripts". Qual comando utiliza o caminho absoluto correto para realizar essa tarefa?

• cd /home/abhishek/scripts/

• cd ../

• cd scripts/

• cd /home/abhishek/

Answer explanation

A resposta correta é o comando "cd /home/abhishek/scripts/" pois ele vai utilizar um caminho absoluto desde a pasta root "/" até o diretório de interesse "scripts/"

"Existem 7485 proteínas no arquivo fasta de Leishmania braziliensis (UP000007258)". Você concorda com essa afirmação?

• Sim

• Não

Answer explanation

Quando executamos o comando "grep -c ">" UP000007258_5660.fasta" o programa retornará a quantidade de headers que esse arquivo possui, isto é, a quantidade de identificadores únicos das proteínas. Verificamos anteriormente que esse número é igual à 7485

Qual o redirecionamento correto pra salvar as mensagens de erro em um arquivo chamado “log.txt” sem sobrepor informações anteriormente contidas neste arquivo?

• comando >> log.txt

• comando 2>> log.txt

• comando 2> log.txt

• comando > log.txt

Answer explanation

2>> redireciona STDERR para um arquivo, sem sobrepor

Na prática anterior, utilizamos o comando "scp" pra transferir o diretório "deeploc_output/" do servidor para o nosso computador local. Agora imagine que você quer fazer o contrário: utilizar o comando "scp" para transferir o diretório "deeploc_output/" do computador local pra o servidor. Digite abaixo o comando completo que você utilizaria

• scp 2212 deeploc_output/ user@200.144.244.172:.

• scp -r deeploc_output/ user@200.144.244.172:.

• scp -P 2112 deeploc_output/ user@200.144.244.172:.

• scp -r -P 2112 deeploc_output/ user@200.144.244.172:.

Answer explanation

O comando correto seria "scp -r -P 2112 deeploc_output/ user@200.144.244.172:."